La historia de la Friedenskirche está marcada por dos fechas fundacionales, que encontraron su expresión en las dos celebraciones del centenario de la congregación. El primer centenario se celebró en 1964. En 1864, a instancias del barón von Werthern, se celebró en Madrid el primer servicio religioso para protestantes de habla alemana. Desde entonces, una congregación en constante cambio se ha reunido para los servicios a intervalos irregulares en diferentes lugares. En 1870, el pastor Fliedner comenzó a atender regularmente a los fieles, paralelamente a su labor evangelizadora en España.

En octubre de 1903 se constituyó la congregación, lo que dio ocasión a las celebraciones del centenario el 19 de octubre de 2003. El nombre de “Friedenskirche” (Iglesia de la Paz), elegido por la congregación, le fue otorgado ese día por el Presidente Kock. En enero de 1904, el primer pastor fue enviado a Madrid por la iglesia regional prusiana. En 1905, la congregación solicitó su ingreso en la Unión Prusiana. El edificio de la iglesia, con salón parroquial y centro comunitario, se construyó con el apoyo del Kaiser Guillermo II y se consagró en 1909. Durante la Guerra Civil española, sirvió de alojamiento temporal para los feligreses. Tras la guerra y la amenaza de expropiación, la congregación volvió a reunirse. La vida comunitaria sigue los estatutos del año de fundación 1903, modificados en 1974.