Die Geschichte der Friedenskirche wird durch zwei Gründungsdaten markiert, die in den beiden Hundertjahrfeiern der Gemeinde ihren Ausdruck fanden. 1964 wurden die ersten 100 Jahre gefeiert. Denn 1864 fand der erste Gottesdienst für deutschsprachige Protestanten auf Veranlassung des Freiherrn von Werthern in Madrid statt. Seither traf sich eine ständig wechselnde Gemeinde in unregelmäßigen Abständen an unterschiedlichen Orten zu Gottesdiensten. Seit 1870 begann eine regelmäßige Seelsorge durch Pastor Fliedner, der diese neben seiner Tätigkeit in der Evangelisation Spaniens ausübte.

Im Oktober 1903 konstituierte sich die Gemeinde, womit der Anlass zur 100-Jahrfeier am 19. Oktober 2003 gegeben war. Der von der Gemeinde gewählte Name “Friedenskirche” wurde ihr an diesem Tag von Präses Kock verliehen. Im Januar 1904 wurde der erste Pfarrer von der Preußischen Landeskirche nach Madrid entsandt. 1905 fand auf Antrag der Gemeinde ihr Anschluss an die Preußische Union statt. Das Kirchengebäude mit Pfarr- und Gemeindehaus konnte mit Unterstützung des Kaisers Wilhelm II. gebaut und 1909 eingeweiht werden. Im spanischen Bürgerkrieg diente es zeitweise Gemeindemitgliedern als Unterkunft. Nach dem Krieg und drohender Enteignung fand sich die Gemeinde wieder zusammen. Das Gemeindeleben folgt den 1974 modifizierten Statuten aus dem Gründungsjahr 1903.